Del 1988 al 2011, unos 17 corredores dominaron el San Blas. En ese periodo de 24 años, los cientos de miles que han asistido a la prueba, han sido testigos de 14 de las mejores 15 marcas que se han dado en hombres, y las 15 mejores en mujeres. También disfrutaron de las gestas del brasilero Delmir Dos Santos, que ha sido el único corredor internacional en ganar tres veces seguidas el certamen. Otra hazaña para la historia en estas dos últimas dos décadas, la aportó  Khalid Khannouchi, que ha sido el único en ganar la extenuante prueba en cuatro ocasiones, dos veces con la camiseta de Marruecos y otras dos con la de Estados Unidos.

Otros momentos inolvidables que se registraron en esta etapa, fue el de Philip Tarus, de Kenya, que en el 1999 pulverizó la marca de la prueba con tiempo de 1h02.10, el tiempo más rápido que se ha hecho en las diferentes rutas que ha tenido el San Blas en sus 50 años. También han presenciado, desde el 2003 hasta la última edición, como los corredores kenyanos han ganado el evento en nueve ocasiones seguidas, ejerciendo un total dominio sobre el resto de participantes. A nivel nacional, el utuadeño Luis Collazo se convirtió en este periodo, en el corredor boricua con más victorias, al llegar ocho veces seguidas, primero entre los corredores nacionales, superando la marca que poseía José Elías De Jesús que era de seis.

La prueba de 1988 fue para México, cuando Dionisio Cerrón y Martín Mondragón superaron a la oposición, llegando en primer y segundo lugar, con el mismo tiempo de 1h04:15. Ambos mexicanos, superaron a varios campeones, entre ellos a los africanos Sherrif, Bulti y Zacaria Barie. Esa sería la primera y única victoria de los mexicanos en el San Blas. Al otro año (1989), Brian Sherrif de Zimbanwe logró su segundo título, superando en la meta por un segundo al colombiano radicado en la isla, Pedro Elías Ortiz. El campeón anterior, Dionisio Cerrón llegó en cuarto lugar. En el 1990, el etíope Tesfaye Tafa voló bajito consiguiendo la segunda mejor marca del San Blas, hasta esa época, con tiempo de 1h03:24. Fue la octava corona para los corredores de Etiopía y la última lograda, desde que consiguieron la primera con Mirus Yifter en 1977. En segundo lugar, volvió a llegar Pedro Elías Ortiz. En 1991, los corredores suramericanos dominaron la prueba, con la primera victoria para Brasil, con Delmir Dos Santos, seguido por Rolando Vera de Ecuador, Julio Hernández de Colombia y Antonio Wathler de Brasil.

Al otro año (1992) en una de las carreras más rápidas y luchadas del San Blas, el brasilero, Delmir Dos Santos ganó por segunda vez, con el segundo mejor tiempo de la historia con 1:03.11, seguido por Tesfaye Tafa con 1h03:50. Los primeros siete corredores tuvieron tiempos de menos de 1 hora cinco minutos, algo que nunca antes se había dado en la ruta del San Blas. En 1993, Delmir Dos Santos se convirtió en el primer corredor del San Blas, desde la época de Rodolfo Méndez, en ganar en tres ocasiones seguidas la prueba. Santos fue el primer en hacerlo, desde que la prueba se internacionalizó y cambio su ruta a Medio Maratón. En 1994, los kenyanos Lameck Aguta y Joseph Cheromoi dominaron ampliamente la carrera, siendo la primera vez que dos corredores tuvieron tiempos de menos de 1 hora y 3 minutos. Aguta finalizó con 1h02:54, superando por dos segundo la marca de Yifter del 1977, mientras su compañero Cheromoi paró el reloj en 1h02:59. Ambos registros fueron en ese momento, el segundo y cuarto más rápido en la historia. El 1995 fue para los latinoamericanos que arrasaron, al colocar a nueve corredores entre las primeras diez posiciones. El primer lugar fue para Rolando Vera, de Ecuador, seguido por Delmir Santos, de Brasil, y José Castillo, de Perú, siendo la última vez que un corredor latinoamericano ganaba la extenuante prueba.

Las próximas dos carreras, las del 1996 y 1997, fueron para el marroquí Khalid Kannouchi que ganó de forma convincente. Las pruebas del 1998 y 1999, fueron dominadas para los corredores de Kenya que volvieron por sus fueros. La victoria del ’98 fue para Kenneth Cheruiyot y la del ‘99, para Philip Tarus que recorrió la distancia en 1h02:10, el tiempo más rápido en la historia, superando al doble campeón Khalid Khannouchi, que finalizó con tiempo de 1h03:23, marca personal en sus múltiples participaciones en el San Blas. En el 2000, Khalid Khannouchi, se unió al exclusivo grupo de Rodolfo Méndez, Mirus Yifter y Delmir Dos Santos en ganar por tercera ocasión el San Blas. Al otro año (2001),el continente africano dominó ampliamente, al
conseguir ubicar a 8 de sus corredores entre los primeros 10. Ganó la prueba Chritopher Cheboiboch de Kenya. En el 2002, Khalid Khannouchi, corriendo esta vez con su nueva ciudadanía de Estados Unidos, se convirtió en el primer y único corredor en ganar el San Blas en cuatro ocasiones.

Del 2003 al 2011, por nueve años consecutivos, los corredores de Kenya han dominado a su antojo la prueba, aumentado su caudal de triunfos en el San Blas a 14, el total más alto entre los países participantes. Los ganadores en esa cadena de triunfos, fueron Phillip Rugut en el 2003, Sammy Korir en el 2004, James Kwambai en el 2005, Titus Munji en el 2006, con tiempo de 1h03.11, octavo mejor de la historia. Luego vinieron Evans Cherruiyot en el 2007 con 1h03:30, en el 2008 ganó Kimutai Kiplimo con 1h03.26, Kwambai ganó por segunda ocasión en el 2009 con 1:02.20, segundo mejor tiempo de la historia. Al otro año (2010), sorprendió Patrick Nthiwa con 1h20.50, deteniendo a Kwanbai, que recuperó el título en el 2011, al ganar la prueba por tercera ocasión con 1h03.09. Para esta edición Kwambai se presenta con el reto de conseguir su cuarto título e igualar la gesta de Khannouchi.

En la foto, James Kwambai, quien triunfó en el San Blas en 2005.

También en esos años (2003 al 2010), Luis Collazo se convirtió en el primer boricua en llegar primero en la categoría nacional, por ocho años consecutivos, arribando en sexto lugar en el 2006 y 2007 en la categoría general, siendo las mejores posiciones logradas por un puertorriqueño, desde la prueba del 1987, cuando Hunga Maldonado también arribó en sexto lugar. Así se ha escrito parte de la historia del San Blas en sus 50 años.

En la foto Luis Collazo, en el primer boricua en llegar primero en la categoría nacional.