La agenda de venganza de Bowser Jr. de rescatar y reclamar justicia para su padre, une los destinos de Mario, Luigi, Toad y la princesa Peach con un mundo fantástico en una galaxia lejana que existe bajo el reinado mágico de la princesa Rosalina. Cuando esta última es secuestrada por Bowser Jr., los protagonistas se lanzan en una aventura épica que les trae nuevos amigos, un aliado inesperado y una pista del misterioso pasado de la princesa Peach.